روبیو به‌خاطر مواضع تند علیه توافق هسته‌ای با ایران شناخته می‌شود. او به‌ویژه باراک اوباما را برای بستن توافق برجام همیشه سرزنش کرده است. او معتقد است که این توافق نه تنها برنامه هسته‌ای ایران را متوقف نمی‌کند بلکه منابع مالی زیادی را در اختیار ایران قرار می‌دهد.
