محمدحسین خوشوقت تحلیلگر سیاسی در یادداشتی درباره انتصاب علی باقری کنی به عنوان معاون علی لاریجانی در دبیرخانه شعام نوشته است:«برخی هم‌وطنان از صدور حکم برای آقای علی باقری از سوی آقای علی لاریجانی برآشفته‌اند؛ او در زمان شهید رئیسی کار مذاکرات برجام را به مرحله مطلوب پایانی رساند، اما تندورهای ذی نفوذ دشمن برجام، نظام را ناکام گذاردند