در سال‌های اخیر، زاینده‌رود به‌عنوان یکی از منابع آبی حیاتی ایران با چالش‌های جدی مواجه شده است. اقداماتی نظیر استخراج آب آرتزین و درختکاری در زمین‌های منابع طبیعی به ویژه در بالادست رودخانه، اگرچه به‌ظاهر راه‌حلی برای تأمین آب کشاورزی به‌نظر می‌رسند اما در واقع می‌توانند به تخریب اکوسیستم و بحران آب‌های زیرزمینی منجر شوند.
